所谓亚文化，是指与主文化相对应的非主流的、局部的文化现象，本文特指企业内部一些特定群体因共同的教育或工作经历、工作要求等在群体内部所共享的观念和生活方式，行业文化、地域文化都可以成为企业内部的亚文化。主流企业文化的背后有对应的亚文化存在，广州市政总院在解决了外部的生存发展问题后，亚文化与主流企业文化的碰撞、摩擦也更加明显。
创新文化与“加班文化”
创新文化，是广州市政总院企业文化建设的一项重要价值导向，尤其体现为鼓励科研创新，以此提升核心竞争力。为鼓励创新文化，广州市政总院制定了许多正面的鼓励措施，如获得科技进步奖的奖励、申请专利的奖励、在高层次刊物上发表论文的奖励等，每年也投入约营业收入5%的资金作为研发经费。创新不仅需要资金的投入，还需要人力、物力。创新文化往往与设计院常见的“加班文化”形成冲突。
设计师加班加点是设计行业常见的现象，广州市政总院也不例外。作为设计人，他们必须按照业主要求高质量完成设计，确保设计质量，尤其是遇上任务集中的高峰期，“白加黑”、“5+2”是常见现象。当两种文化发生碰撞时，“加班文化”往往占据了上风。例如，广州市政总院曾申报某市级科研创新平台的创建项目，承诺在2年创建期内，完成规定数量的论文、专著发表，以及一定数量的课题创新成果验收。这项创新工作虽然被分解到各设计部门，但因设计任务繁忙，临近验收竟然还没完成，最后被迫申请延期验收。
创新需要积累、需要沉淀，如果不抓紧利用每一个项目的机会进行技术创新，这种“赶鸭子上架”的创新质量是得不到保证的。受“加班文化”所累，创新的动力、质量都会受到影响，创新文化难以落到实处，不利于企业的可持续发展。
“走出去”文化与“求稳”文化
“走出去”文化是广州市政总院企业文化的一个重要内容。然而，“走出去”文化也一直受到一种亚文化——“求稳”文化的挑战。
据广州市政总院的一份内部调查显示，有48%的员工认为“工作稳定”是最吸引员工的一个因素。工程设计人员大多有一种技术倾向，即希望在稳定的业务来源下安心钻研技术，通过技术提升确保工程质量，他们基本都厌恶市场风险。可以说，“期望稳定”是工程设计人身上体现的一种重要亚文化。同时，广州市政总院原来是一家地方设计院，业务来源主要是广州，原来的地方院思维模式也进一步加重了这种亚文化。
因此，在广州市政总院内部存在一个奇特的现象，以外地市场为重心的设计部门（如D、F部门），其人员离职率要高于以广州本地市场为重心的设计部门。据统计，D、F部门近3年的离职率分别是17.8%和19.2%，以广州地区的路桥专业业务为主的A部门，近3年内没有一位员工离职。虽然D部门、F部门也在外地取得了不错的成绩，但外地项目风险、成本均高于本地项目，收款难度较高，项目来源的持续性难以保证，不确定性因素较多，难免使员工产生不稳定的感觉，与期待稳定的文化相悖。从这个角度看，“求稳”文化仍然占据了上风。
共赢文化与主辅专业文化
共赢是广州市政总院高层领导制定企业文化过程中一个重要的出发点，宏观上从企业、社会、员工的关系理解，但院里更多地解读为各个专业之间的合作共赢。共赢文化的落地受制于主、辅专业的文化冲突。
广州市政总院以路桥和水专业为两大主专业，主专业在对外进行项目谈判、对内的产值分配方面具有较大的主动权，形成主专业的支配文化。相对而言，其他专业无论在对外的项目谈判，还是对内的工作安排、产值分配等方面，都处于配角地位，形成了一种配角辅助型文化。
从辅助专业看，他们的价值往往难以得到保证。例如B部门的勘察专业，在外部的项目谈判中，有些业主往往不顾地质地貌的实际情况，压低勘察单价，但主专业的业务人员进行项目谈判时，有时候会“忽略”了勘察专业的成本和利益，在项目中标后针对项目主合同中勘察专业过低的价格约定，再进行内部专业之间的讨价还价。又例如，E部门（景观、绿化专业），他们的配套专业工作量不亚于主专业，但在内部的产值分配中常常体现不出其实际价值，产值计算浮动性较大，影响了其部门绩效。再如G部门（概预算），在工作时间的安排上总是非常被动，主专业通常没有预留足够的时间给他们完成概预算的工作，这也经常会产生矛盾。
但从主专业的角度看，在具体任务的设计过程中，主专业通常会觉得辅助专业的配合工作不到位，影响了项目的整体效率，因此，导致了某些主专业设计部门宁愿将一些配套专业的工作外包给广州市政总院以外的小型设计公司，也不愿意在广州市政总院内部进行跨部门的协调合作。有些主专业部门则是在部门内部配齐一些辅助专业的人才，尽量使得业务在内部得以消化，无需其他配套专业部门配合。
主、辅专业之间的文化冲突，是导致合作共赢文化困境的原因所在，对于全院的业务开展有直接的消极影响。